Durante el gobierno del Conde de Lemos, nuestro XXVII Virrey, se produjeron hechos religiosos prodigiosos, ante los intentos de borrar la imagen del Señor de los Milagros por considerarlo un culto clandestino y reprobable.
Las reuniones para venerar la imagen eran los viernes por la noche, alumbrados por las llamas de cera; los devotos llevaban flores, perfumando el ambiente con el sahumerio, entonando plegarias acompañándose de arpa, cajas y vihuelas.
Con el tiempo, se fue incrementando la peregrinación. Muchas veces se produjeron hechos de índole distinta a las prácticas religiosas.
Viendo con malos ojos todos estos hechos el Párroco de San Sebastián, José Laureano de Mena, hace de conocimiento al virrey Conde de Lemos, don Pedro Antonio Fernández de Castro para que intervenga como autoridad, prohíba las reuniones, y de la orden irrevocable de borrar al Cristo, ya que, según su criterio, estaba fuera de los cultos religiosos.
El Virrey trasladó la solicitud a la máxima autoridad eclesiástica que era en ese momento el Provisor y Vicario General Esteban de Ibarra, por haber fallecido el Arzobispo Pedro de Villagomez. Este envió el 4 de septiembre al sitio al promotor Fiscal del Arzobispado José Lara y Galván, Laureano de Mena y el Notario Juan de Uría, quienes verificaron la existencia de la imagen del Cristo Crucificado, una concurrencia de unas doscientas personas que entonaron el salmo miserere «Tibi soli peccavi» y la presencia del sacristán de la Parroquia de San Marcelo José de Robledillo, a quien José Lara le llamó la atención de autorizar con su presencia tal tipo de reuniones, se armó un tumulto en que los congregados en el lugar rodearon a los representantes eclesiásticos que se vieron obligados a abandonar el lugar.
Esteban Ibarra dictaminó que se prohibiesen tales reuniones y que se borrase la imagen, por lo cual entre el 6 y el 13 de septiembre de 1671, se constituyó al lugar un comité especial dispuesto por el Promotor Fiscal del Arzobispado José Lara y Galán, un notario, posiblemente el mismo Juan de Uría, un pintor indígena de brocha gorda y el capitán de la guardia del Virrey, Pedro Balcázar, escoltado por dos escuadras de soldados para el caso que se produjesen desmanes por la cantidad de curiosos y vecinos que rodeaban el lugar.
El primero en intentarlo fue el pintor que al momento de subir por la escalera hacia la imagen comenzó a sentir temblores y escalofríos, teniendo que ser atendido, intentó de nuevo proseguir con su tarea, pero al subir otra vez, fue tal su impresión que bajó raudamente y se alejó asustado del lugar sin concretar el encargo. El segundo hombre, se acercó a la imagen, pero algo vio en ella que le hizo desistir de raspar la imagen. El tercero, fue un soldado real de ánimo más templado, éste subió, pero bajó rápidamente explicando luego que cuando estuvo frente a la imagen, vio que ésta se ponía más bella y que la corona de espinas se tornaba verde.
Ante la insistencia de las autoridades por borrar la imagen, la gente manifestó su disgusto y comenzó a proferir grandes voces, en vista de lo cual el virrey y el vicario Ibarra decidieron revocar la orden y el Vicario Ibarra autorizó su culto.
En una visita del Virrey y su esposa, éste impresionado por lo que vio, encargó a Manuel de Escobar y Fray Diego Maroto la construcción de una ermita. El 14 de septiembre de 1671 se ofició la primera misa en ella ante las altas autoridades eclesiásticas y civiles, fecha que coincide con el día de La Exaltación de la Cruz, comenzándose a difundir el culto y a llegar de diferentes lugares numerosos fieles, comenzándolo a llamar al crucificado Santo Cristo de los Milagros, o de Las Maravillas.
Procesión del Señor de los Milagros - Lima
